Eines haben alle Kreuzkräuter gemeinsam: Sie enthalten toxische, sekundäre Pflanzeninhaltsstoffe aus der Gruppe der Pyrrolizidin-Alkaloide (kurz: PA). Diese Giftstoffe kommen in allen Pflanzenteilen vor und bauen sich durch Trocknen nicht und durch Silieren nur begrenzt ab. Wie gefährlich die PA im Wasser-Kreuzkraut für Nutztiere sind, ist je nach Tierart unterschiedlich. Extrem empfindlich reagieren Pferde. Rinder sind weniger sensibel, Schafe oder Ziegen sind relativ robust.

Neben einer möglichen, akuten Vergiftung, vor allem bei Pferden, kommt es bei wiederholter Aufnahme zu einer schleichenden bzw. chronischen Vergiftung. Dabei zeigen sich ein allgemeiner Leistungsabfall und deutliche Krankheitssymptome. Eine höhere PA-Aufnahme, egal ob kurzfristig oder andauernd, wirkt leberschädigend und fördert Krebs. Das Krankheitsbild wird als Seneciose oder Schweinsberger-Krankheit bezeichnet.

Da Tiere die Giftstoffe nach der Aufnahme ausscheiden, können diese in die Milch von belasteten Tieren gelangen. Als weiteres Risiko ist der Übergang vom Pollen in den Honig bekannt.

Vergiftungen beim Menschen sind in Deutschland nur durch eine direkte Aufnahme bekannt. Dabei verwechselten die Betroffenen z.B. Wasser-Kreuzkraut mit anderen Pflanzen und verwendeten dieses für ihren selbst hergestellten Kräutertee.