Für den Betrieb einer Kreislaufanlage ist neben der Baugenehmigung auch eine wasserrechtliche Erlaubnis und unter Umständen auch eine Umweltverträglichkeitsprüfung erforderlich. Die Genehmigungspraxis ist länderspezifisch geregelt und unterscheidet sich laut Volkmar Hinz, Fachbereichsleiter Fischerei bei der LWK Niedersachsen, sogar erheblich zwischen einzelnen Landkreisen. Während der eine Betriebsleiter sein Wasser aufbereitet ohne größere Auflagen in einen Vorfluter einleiten darf, zahlt der andere hohe Abwassergebühren.
Ähnlich verzwickt ist die Lage bei der Förderung. Der Europäische Fischerei-Fonds (EFF) bezuschusst Aquakulturprojekte mit bis zu 50 % der Investitionssumme, wofür viele Bundesländer vom Betreiber langjährige Erfahrung oder die Qualifikation des Fischwirts verlangen. In Niedersachsen können Landwirte auch AFP-Mittel für ein Fischzucht-Vorhaben geltend machen. Auch die Rentenbank hat inzwischen ein Förderprogramm für den Bereich Aquakultur aufgelegt.