Die wachsende Wurzel strukturiert und stabilisiert die Bodenstruktur. Dabei sind die Seitenkräfte deutlich höher als das Durchdringungsvermögen in die Tiefe. Die konische Wurzelspitze benötigt immer eine kleine Öffnung, in die sie eindringen kann. Durch den ständigen Wechsel zwischen Dicken- und Längenwachstum kann die Wurzel Bodenkrümel seitlich verschieben und deren Verbundsystem verbessern. Dass Pfahlwurzler wie Raps und Ackerbohnen eine anscheinend gute Struktur hinterlassen, bedeutet nicht, dass sie mit den Wurzeln schlechte Strukturen erschließen oder gar aufbrechen können. Ganz im Gegenteil, die Pfahlwurzler haben deutlich höhere Ansprüche an die Bodenstruktur als Getreidearten wie Wintergerste oder Hybridroggen. Selbst eine Phacelia braucht eine gut erschließbare Krume, um mit ihrem Feinwurzelsystem die Krümelstruktur zu stabilisieren.

Nach einer tiefen und streifigen (nicht ganzflächigen!) Untergrundlockerung eignen sich tiefwurzelnde Kulturen mit langsam verrottenden und kräftigen Wurzeln, um die Bodenstruktur zu stabilisieren. Dazu zählen vor allem Pfahlwurzler wie Raps, Ölrettich als Zwischenfrucht, Ackerbohnen, Lupinen, Öllein und letztlich auch Zuckerrüben. Deren Ernte macht allerdings oft nicht nur den Erfolg der Tiefenlockerung zunichte, sondern kann die Strukturprobleme auch noch weiter in die Tiefe verlagern.