Mehlkörper und Embryo werden von der Frucht- und Samenschale umhüllt. Bei Gerste und Hafer ist das Korn zusätzlich mit Deck- und Vorspelze verwachsen. Direkt unter der Samenschale liegt eine nur aus den Aleuronproteinen bestehende Zellschicht, die bei der Produktion von Weißmehlen mit der Kleie entfernt wird. Das Aleuronprotein macht etwa 10% des gesamten Proteins aus. Die Stärke des Mehlkörpers ist in eine Proteinmatrix eingebettet. Diese Kleberproteine sind ein Qualitätsmerkmal für Backweizen, stören dagegen beim Mälzen. Im Embryo sind bereits die ersten zwei Laubblätter und drei bis fünf Wurzeln angelegt (Foto 7). Der Embryo liegt mit dem Skutellum (Schildchen) am Mehlkörper an. Dieses wird auch als Saugblatt bezeichnet, weil es die bei der Keimung durch die Amylase verzuckerte Stärke an die embryonalen Zellen weitergibt. Botanisch gesehen ist es das verdeckt bleibende Keimblatt der Monokotylen.

Ist die Keimruhe beendet, werden 24 Stunden nach Beginn der Quellung die ersten Phytohormone im Embryo aktiviert. Gibberelline wandern aus dem Embryo durch den Mehlkörper in die Aleuronschicht. Dort aktivieren sie Hydrolasen, die wiederum die Bildung von Cytokininen zur Zellteilung und Auxine zur Zellstreckung in Gang setzen (siehe auch Beitrag „Hormone regulieren die Pflanze“, top agrar 9/21 ab Seite 94). Die Wurzelanlage erscheint zuerst. Die zentrale Wurzel schiebt sich der Schwerkraft folgend (Geotropismus) nach unten in Bodenporen oder Hohlräume. Triazolhaltige Beizwirkstoffe hemmen die Gibberellinsynthese und können den Feldaufgang um Tage verzögern.

Mit den Reserven des Mehlkörpers können die im Embryo angelegten Organe ausgebildet werden. Nach dem 2-Blattstadium muss sich die Pflanze durch Photosynthese sowie Wasser- und Nährstoffaufnahme über die Wurzel selbst versorgen. Bei kleinen Samen bleiben die ersten beiden Blätter kleiner und kürzer, wie auch die Wurzeln. Große Körner haben mehr Triebkraft und größere Primärorgane, benötigen aber auch mehr Quellwasser zur Keimung. Das Saatgut für trockene Sandstandorte sollte daher kleinkörniger sein als die für feuchte, schwere Böden.

Der Wurzeltiefgang der zentralen Keimwurzel hat Vorrang vor den beiden seitlichen Wurzeln (Foto 7). Die zentrale Wurzel wächst nach dem Auflaufen 8 bis 10 cm nach unten. Stößt sie dabei auf ein Hindernis (Ernterückstände, Stein, Arbeitshorizont, Verdichtung), treiben die seitlichen Wurzeln aus. Stoßen diese an mechanische Grenzen, versuchen zwei weitere seitliche Wurzeln ihr Glück. Pflanzen, die z.B. über einem Kreiseleggenhorizont wachsen, haben deshalb oft ein flaches Wurzelsystem mit wenig Tiefgang. Bei ausreichender Bodenfeuchtigkeit läuft ein 2 cm tief abgelegtes Getreidekorn nach einer Woche bzw. 90°C Temperatursumme auf.