Die zunehmenden Resistenzen und ein schlechtes Image der chemischen Pflanzenschutzmittel führen dazu, dass sich die Firmen vermehrt mit Alternativen beschäftigen. Dabei setzen sie vor allem auf Mikroorganismen. Aktive Wirkstoffe sind Bakterien, Pilze, Viren und Mikrosporen. Bekannte Vertreter bei Insektiziden sind z.B. Bt-Präparate gegen den Maiszünsler.
Allein bei den mikrobiellen Fungiziden engagieren sich 60 Unternehmen. Dazu gehören auch große Pflanzenschutzmittelhersteller. BASF hat 2012 den US-Mikroben-Spezialhersteller Becker Underwood übernommen. Im gleichen Jahr kaufte Bayer die US-Firma AgraQuest. Im Gegensatz dazu setzt Monsanto auf eine Kooperation mit der dänischen Firma Novozymes. Das erste gemeinsame Produkt ist eine Saatgutbeize mit Mikrosporen. Diese soll im nächsten Jahr in den USA beim Großteil ihres Maissaatgutes zum Einsatz kommen. Der Hersteller hofft auf eine P-lösende Wirkung im Boden.
Für biologischen Pflanzenschutz spricht eine höhere Trefferquote. Die Erfolgschancen, einen passenden Wirkstoff zu finden, sind ca. 100-mal größer als beim chemischen. Zudem verlangen die Zulassungsbehörden weniger Daten zu den Wirkstoffen. So gelingt eine kostengünstigere, schnellere Marktreife.