Gegen Wurzelunkräuter sind bei der Bodenbearbeitung generell zwei oder drei Arbeitsgänge sinnvoll. Ziel muss sein, alle Wurzeln in 5 bis 10cm Tiefe abzuschneiden. Die Ackerkratzdistel treibt dann wieder aus. Der zweite Arbeitsgang wird nochmals 5 bis 10cm tiefer gefahren und die Distel dadurch erneut abgeschnitten. Ein dritter Arbeitsgang in 15cm Tiefe ist möglich.

Bei dieser Methode werden anwurzelnde Rhizome wieder losgerissen. Sie sind dann nicht mehr fähig, auszutreiben, weil Reservestoffe fehlen. Allerdings ist für den Erfolg dieser Methode eine trockene Witterungsperiode wichtig. Von Nachteil ist dabei, dass die Bodenbearbeitung die Mineralisierung anregt.

Zur Bekämpfung größerer Distelplatten mit weit reichendem Wurzelsystem sollten die genannten Maßnahmen zwei bis drei Jahre lang konsequent durchgeführt werden. Hier reicht eine einmalige Behandlung nicht aus. Weil Wurzelunkräuter bei Bodenverdichtungen durch die Schwäche der Hauptkultur oft besser wachsen können, ist auf Einzelflächen eine mechanische Untergrundlockerung zusätzlich positiv zu sehen. Zudem helfen tief wurzelnde Kulturpflanzen wie z.B. Luzerne oder tief wurzelnde Zwischenfrüchte wie Öl- und Tiefenrettich.