Die in wirtschaftlicher Hinsicht größte Schwachstelle ist die nach wie vor unzureichende Verwertung der Wärme, die bei der Verstromung in den Blockheizkraftwerken anfällt. Zwar nutzen etwa 80 % der untersuchten Anlagen ein Teil der Überschusswärme zum Heizen der eigenen Wirtschaftsgebäude und Wohnungen. Jedoch verkauft nur jeder Dritte Biogasproduzent die Wärme beispielsweise an Nachbarn oder Gärtnereien. Damit nutzen zwei Drittel der Betreiber ihre Wärme nicht ganzjährig. Den Betreibern fehlt somit eine wichtige Einnahmequelle und die Kohlendioxid-Bilanz der Anlage ist auch nicht optimal.