Mehrstufige Biogasanlagen arbeiten deutlich effektiver als einstufige. So kam bei den Untersuchungen heraus: Wer sein Substrat nicht nur in einem Hauptfermenter vergärt, sondern anschließend noch in einem oder mehreren hintereinander geschalteten Nachgärern (mehrstufige Verfahren), erreicht eine um bis zu 10 % höhere Methanausbeute.
Die bessere Substratausnutzung ist vor allem darauf zurückzuführen, dass die mehrstufigen Systeme in der Regel wesentlich großzügiger ausgelegt sind und das Substrat daher deutlich länger in den Fermentern bleibt (Verweilzeiten).
Während bei einstufigen Anlagen die Verweilzeiten üblicherweise zwischen 40 und 80 Tagen liegen, sind bei den mehrstufigen Anlagen Verweilzeiten zwischen 100 und 200 Tagen üblich. Dabei hat sich auch gezeigt, dass mit steigendem TS-Gehalt der Substrate längere Gärzeiten ohnehin notwendig sind, um einen möglichst vollständigen Substratabbau zu erreichen.