Ein unvollständiger Sub­strat­abbau führt nicht nur zu Verlusten, sondern wirkt sich auch negativ auf die Klimabi­lanz der Anlage aus. Vor allem, wer Gärreste ohne Abdeckung lagert, muss mit erhöhten Methan-Emissionen rechnen. Die Untersuchung des Methan-Bildungspotenzials der Gärreste zeigt: Bei einer Lagertemperatur von 20 °C können im ungünstigsten Fall bis zu 9 % der gesamten Methan­ausbeute aus dem Substrat in die Umwelt entweichen. Vor allem, wenn das Substrat weniger als 100 Tage vergoren wird, sind die Restmethangehalte relativ hoch, Übers. 3, Seite 124. An diesem Zusammenhang wird deutlich, dass bei Verweilzeiten von weniger als 100 Tagen im Fermenter das Gärrestlager grundsätzlich gasdicht abgedeckt werden sollte. So kann nicht nur das Restgas aufgefangen und verstromt, sondern auch die Umwelt geschont werden. Zudem wird mit einer gasdichten Abdeckung des Gärrestlagers die Gasspeicherkapazität der gesamten Anlage vergrößert. Dadurch kann mehr Gas bei Aussetzern des BHKW gespeichert und muss nicht über eine Notfackel verbrannt werden. Von den untersuchten Biogasanlagen hatten allerdings lediglich 30 % ein gasdichtes Gärrestlager. Hier besteht noch ein erheblicher Nachholbedarf.