Bei den Biokraftstoffen dominiert wie in Deutschland auch der Biodiesel, von dem Österreich 53 % im Jahr 2012 selbst erzeugte, den Rest importierte. Biodiesel wird herkömmlichem Diesel beigemischt und Ethanol dem Bezin. Ethanol wird nur im Werk im niederösterreichischen Pischelsdorf hergestellt (171 000 t im Jahr 2012). Nur die Hälfte davon blieb im Inland, 87 000 t wurden exportiert. Die Einführung von E10 (Benzin mit einem Bioethanolanteil von 10 %) wurde nach heftiger Diskussion im Jahr 2012 auf unbestimmte Zeit verschoben. Pflanzenöl spielt mit 16 800 t nur eine untergeordnete Rolle. Dieses Öl setzen als Kraftstoff fast nur Landwirte ein.
Bei der Mobilität hat Österreich großen Nachholbedarf. „Die Zukunft für Biokraftstoffe liegt im Non-Food-Bereich“, sagt Karl Totter voraus. Der Biokraftstoff-Pionier aus Mureck (Steiermark) produzierte seit 1991 mit der bäuerlichen „Südsteirische Energie- und Eiweißerzeugungsgenossenschaft“ (SEEG) Biodiesel aus Altspeiseöl. Als weitere Rohstoffe für die Kraftstoffproduktion sieht Totter Stroh von Mais, Getreide und Raps, Gülle, Mist, Küchenabfälle oder Rasenschnitt. Doch auch hierfür muss es eine politische Unterstützung geben. Das zeigt die aktuelle Entwicklung: Hohe Rohstoffpreise und Billigimporte von Biodiesel aus Südamerika haben die SEEG finanziell unter Druck gesetzt, sodass sie wegen Überschuldung im Jahr 2013 Insolvenz anmelden musste.
