Nach Einschätzung von Prof. Martin Faulstich, Mitglied im Sachverständigenrat für Umweltfragen (SRU), kann das nationale Ziel einer Beimischung biogener Kraftstoffe von 8 Prozent bis 2015 nicht mit Biomasse nationaler Herkunft erreicht werden. Dies gelte umso weniger für ein Beimischungsziel von 20 Prozent bis 2020. Selbst bei einem geringeren Anteil werde es zu massiven Importen von Biomasse oder Bio­energieträgern kommen müssen, da zusätzlich zur begrenzten Fläche die schon bestehenden Anlagen zur Strom- und Wärmenutzung weiterhin Rohstoffe benötigten. Faulstich plädierte daher für eine stärkere Nutzung und Förderung von Biomasse bei der Erzeugung von Wärme und Strom statt für die Produktion von Biodiesel oder Ethanol, weil dies deutlich effizienter sei.

Prof. Norbert Rieder vom Zoologischen Institut der Universität Karlsruhe bezeichnete den Import von Biokraftstoffen als "ökonomischen und ökologischen Blödsinn". Es mache keinen Sinn, Biokraftstoffe aus Indonesien zu importieren, wenn in dortigen Motoren fossile Kraftstoffe zum Einsatz kämen. Mindestens ein Transportweg sei hier überflüssig und für die CO2-Bilanz negativ.