Hafer ist von Natur aus glutenfrei. Auf dem Feld, bei der Ernte und Weiterverarbeitung können aber Spuren von glutenhaltigem Weizen oder Roggen, die z.B. mit demselben Drescher geerntet wurden, auf den Hafer übergehen. Schon geringe Mengen genügen, um bei Zöliakie-Patienten eine Allergie auszulösen. Die Deutsche Zöliakie-Gesellschaft rät Betroffenen daher davon ab, handelsüblichen Hafer zu essen.
Seit 2016 darf jedoch Hafer, der durch gereinigtes Saatgut und gesonderte Maschinen vor einer Kontamination geschützt wird, mit dem Siegel der durchgestrichenen Ähre als glutenfrei gekennzeichnet werden. Der Preisunterschied ist gewaltig: „Normale“ Haferflocken gibt es ab 80 Cent/kg, glutenfreie Haferflocken kosten 5 bis 6 Euro je Kilo.