Auch in Bayern sollen die unteren Naturschutzbehörden gemeinsam mit sogenannten „Bibermanagern“ in Konfliktfällen praktikable Lösungen erarbeiten. Zudem setzt das Land laut einem Sprecher des Umweltministeriums auf Prävention, um Schäden zu verhindern.
Anders als in Baden-Württemberg werden Schäden allerdings aus einem Fonds erstattet. Dafür stehen jährlich 450000 € bereit. Der Freistaat hat zudem bis 2027 eine allgemeine Ausnahmeverordnung zur „Entnahme“ von Bibern bei „hoher Gefährdungs- und Schadenslage“ erlassen und die Bewilligung dafür erleichtert. Die Zahl der Entnahmen steigt. Wurden 2009 laut Ministerium 658 Biber getötet, waren es 2016 bereits 1400. Aktuell geht man insgesamt von 22000 Tieren aus.