Das Vermögen des Bayerischen Milchförderungsfonds (MFF) wird als zweckgebundenes Sondervermögen des Bayerischen Bauernverbands (BBV) geführt. Einziges Organ des MFF ist laut Statut der dreizehnköpfige Verwaltungsausschuss. Diesem gehören fünf Vertreter des Bayerischen Bauernverbands sowie je vier Vertreter des Genossenschaftsverbands Bayern und des Verbands der Bayerischen Privaten Milchwirtschaft an. Der BBV stellt den Vorsitzenden des Verwaltungsausschusses, die beiden anderen Verbände je einen Stellvertreter.

In der aktuellen Periode, die von 2015 bis 2017 reicht, hat der Bauernverband folgende Mitglieder benannt: Günther Felßner (BBV-Vizepräsident), Christine Singer (stellv. Landesbäuerin), Leonhard Welzmiller (VMB-Vorsitzender), Martin Mayr (stellv. Vorsitzender der Vereinigung der MEGs) und Michael Gruber (stellv. Kreisobmann).

Von Seiten der Privatmolkereien sind Susanne Nüssel (VBPM), Michael Schalk (Käserei Champignon Hofmeister), Florian Bauer (Molkerei Bauer) und Werner Giselbrecht (Hochland Deutschland) vertreten.

Für den Genossenschaftsverband sitzen folgende Vertreter im Verwaltungsausschuss des Milchförderungsfonds: Dr. Klaus Hein (Genossenschaftsverband Bayern), Dr. Norbert Bauer (Bayernland), Peter Hartmann (BMI) und Josef Vielreicher (Goldsteig Käsereien).

Die Geschäftsführung des Milchförderungsfonds liegt beim BBV.