Wegen der nicht erfolgten Anpassung der Mehrwertsteuerpauschalierung für Landwirte hat die Europäische Kommission Deutschland vor dem Europäischen Gerichtshof (EuGH) in Luxemburg verklagt. Dies ist der zweite Schritt eines Vertragsverletzungsverfahrens, da die Bundesrepublik auf die erste Verwarnung im März vergangenen Jahres nicht entsprechend reagiert habe.

Die Kommission kritisierte die Weigerung Deutschlands, „in einigen Fällen“ die Mehrwertsteuer zu erstatten, ohne zusätzliche Angaben beim Erstattungsantragsteller einzuholen. Die EU-Mehrwertsteuerrichtlinie erlaubt es den Mitgliedstaaten, eine pauschale Mehrwertsteuerregelung für landwirtschaftliche Betriebe anzuwenden. Demnach können diese für die von ihnen verkauften Produkte und erbrachten Dienstleistungen einen Pauschalbetrag in Rechnung stellen; dieser beträgt in Deutschland für die landwirtschaftlichen Umsätze 10,7 %. Im Gegenzug dürfen die Landwirte allerdings keinen Vorsteuerabzug geltend machen.

Diese von der EU erlaubte Ausnahmeregelung ist allerdings vor allem für Kleinbetriebe gedacht, bei denen die Anwendung der normalen Mehrwertsteuervorschriften administrative Schwierigkeiten zur Folge hätte. Moniert wird von der Kommission, dass Deutschland die Pauschalregelung jedoch standardmäßig auf sämtliche landwirtschaftliche Betriebe anwende, obwohl solche Schwierigkeiten bei großen landwirtschaftlichen Betriebe nicht gegeben seien. Dies führe zu Wettbewerbsverzerrungen im EU-Binnenmarkt.