Der Naturschutzbund Deutschland (NABU) kritisiert, dass für das Geflügelpestgeschehen ausschließlich Wildvögel verantwortlich gemacht würden. Der Verband wies darauf hin, dass eine Gruppe unabhängiger Experten des Wissenschaftsforums Aviäre Influenza (WAI) das bisherige Ausbruchgeschehen in Europa detailliert dokumentiert habe. Dabei hätten sich zahlreiche Indizien ergeben, dass die Verbreitung des Virus vor allem durch die Geflügelwirtschaft selbst verursacht werde.

NABU-Bundesgeschäftsführer Leif Miller warf dem FLI vor, als zuständiges Bundesinstitut bis heute sämtliche Hinweise zu ignorieren, dass Stoffströme innerhalb der Geflügelwirtschaft ein Übertragungsweg seien. Die Ergebnisse des WAI legten nahe, die Fahrtenbücher und GPS-Daten von Tiertransporten auszuwerten, um zu untersuchen, ob sich diese Routen mit den Ausbruchsherden der Krankheit deckten. Bund und Länder seien dringend aufgefordert, auch diesen Zusammenhängen nachzugehen.

Für NABU-Vogelschutzexperte Lars Lachmann ist es sehr wahrscheinlich, dass der aktuelle Virus seinen Weg direkt aus der Geflügelwirtschaft in China nach Europa gefunden habe - ohne die Hilfe von Wildvögeln, die niemals direkt von China nach Europa zögen. Es sollte deshalb dort nach einem Zufallsereignis gesucht werden, beispielsweise einem nicht ausreichend desinfizierten Transportstall beim Handel mit Geflügel.

Die Tierschutzorganisation Provieh wies darauf hin, dass die industrielle Geflügelproduktion das Verbreitungsrisiko vergrößere. Ihr Vorstandsvorsitzender Prof. Sievert Lorenzen monierte, dass „zehntausende Tiere ohne räumliche Trennung in einem Stall gehalten würden. Dadurch könne die Ansteckung zwischen den Tieren in kürzester Zeit erfolgen.