Bei Biofiltern wird die Abluft aus dem Stall durch organische Materialien wie z.B. Wurzelholz oder Holzhackschnitzel gedrückt. Diese müssen ständig feucht gehalten werden. Das organische Material verrottet mit der Zeit und sackt in sich zusammen. Dadurch erhöht sich der Luftwiderstand, und die Betriebskosten steigen.

Wer Wurzelholzfilter einsetzt, sollte das Material alle fünf Jahre tauschen. Bei Holzhackschnitzeln schreibt der Gesetzgeber sogar einen jährlichen Austausch vor.