Die Kosten für die Erstellung der betriebsindividuellen Stallbilanz muss der Landwirt tragen. Bei etwa zwei bis drei Stunden Arbeit liegen die Kosten zwischen 160 und 240 € plus MwSt. Hinzu kommt eine Pauschale in Höhe von 79 € plus MwSt. für die Erstellung des Gesamt-Nährstoffvergleichs.
Bislang sind betriebsindividuelle Stallbilanzen nur in Nordrhein-Westfalen zugelassen. Andere Bundesländer wie z.B. Bayern diskutieren jedoch darüber, ob das Konzept auch dort Sinn macht.