Vor allem spricht sich der CSU-Politiker darin für eine nationale Kofinanzierung der Direktzahlungen im Rahmen der Ersten Säule der Gemeinsamen Agrarpolitik aus. Eine nationale Kofinanzierung verhindere Mitnahmeeffekte und förderbedingte Fehlsteuerungen. Sie beteilige ferner die jeweiligen Empfängerstaaten sachgerecht an der eigenen Begünstigung. Schließlich führe eine Kofinanzierung zu mehr Beitragsgerechtigkeit für Deutschland und reduziere den Anteil der Agrarausgaben im EU-Haushalt. Dies würde laut Söder Spielräume eröffnen, im EU-Haushalt neue Prioritäten zu setzen, etwa für Forschung und Entwicklung. Der Europaminister warnt zugleich vor einer zu üppigen Mittelausstattung der Europäischen Union, weil dies den Prinzipien der Haushaltsdisziplin und der politischen Prioritätensetzung zuwiderlaufe. Daher müsse die Begrenzung der EU-Ausgaben auf rund 1 % des EU-Bruttonationaleinkommens für die Zeit nach 2013 beibehalten werden, auch wenn die Gemeinschaft dann gemäß dem Reformvertrag neue Aufgaben erhalte. Auf diese Weise werde die EU gezwungen, Prioritäten neu zu setzen und sich auf die wirklich europäischen Aufgaben zu konzentrieren. Für notwendig erachtet Söder auch eine gerechtere Lastenverteilung zwischen den Mitgliedstaaten. Bislang trage Deutschland zwar erheblich zum EU-Haushalt bei, bekomme aber beispielsweise wenig Agrarmittel. Künftig werde zudem die Strukturförderung in Ostdeutschland zurückgehen. Um das Ziel einer größeren Beitragsgerechtigkeit zu erreichen, schlägt der Minister vor, die derzeitigen Sonderregelungen für einzelne Staaten durch einen allgemeinen Korrekturmechanismus zu ersetzen. Im Ergebnis müsse eine gleichmäßige Belastung aller Mitgliedstaaten angestrebt werden, gemessen am relativen Wohlstand der Bevölkerung.