Grundlage für die Überwachung der Nitratbelastung des Grundwassers ist das sog. Belastungsmessnetz der Länder (162 Messstellen in Deutschland). Gemessen wird dort seit Anfang der 90er-Jahre. Insgesamt ist die Nitratbelastung des Grundwassers seit Langem rückläufig. Dennoch wies der letzte Nitratbericht der Bundesregierung von 2012 noch immer für knapp 50 % der Messstellen Nitratgehalte oberhalb des Grenzwertes von mehr als 50 mg/l Grundwasser aus (Zeitraum 2008 bis 2010). Bei knapp einem Viertel der Messstellen wurde zudem eine steigende Tendenz festgestellt.

Die EU-Kommission macht für diese unbefriedigenden Ergebnisse die aus ihrer Sicht zu lasche deutsche Düngeverordnung verantwortlich und fordert von Deutschland strengere Regeln. Sie verweist dabei auf die Entwicklungen in den Niederlanden und in Dänemark, die mit drastischen Auflagen wie fruchtartbezogenen Düngungsobergrenzen und langen Sperrfristen innerhalb von vier Jahren einen deutlichen Rückgang der Nitratwerte im Grundwasser erreichen konnten (siehe top agrar 3/2013, S. 34). Um ihren Forderungen Nachdruck zu verleihen, hat die Kommission schon 2013 ein Vertragsverletzungsverfahren gegen Deutschland eingeleitet.