Neben den entkoppelten Betriebsprämien erhalten viele Betriebe auch noch Zahlungen für die Teilnahme an Agrarumweltmaßnahmen aus den verschiedenen Programmen der 2. Säule. Diese schlagen bei den ökologisch wirtschaftenden Betrieben deutlich stärker zu Buche als bei den konventionellen Betrieben (siehe Übersicht 3).
Im Durchschnitt haben diese Prämien im Wirtschaftsjahr 2014/15 bei den Öko-Betrieben knapp 30% des Unternehmensgewinns ausgemacht. Bei den konventionellen Betrieben waren dies nur knapp 5%. Hauptursache für die Unterschiede sind die Förderprämien für die Umstellung bzw. Beibehaltung des ökologischen Landbaus.
