Für Bayern wurde in der Kostenanalyse eine separate Baseline definiert. Denn hier sind die Bestände im Schnitt deutlich kleiner und die Leistungen tendenziell etwas schlechter als im Nordwesten der Bundesrepublik.

Auch die Vermarktung unterscheidet sich von der in anderen Regionen Deutschlands. Zum Beispiel werden etwa 30% der bayerischen Schweine nach Südeuropa exportiert. Und rund 10% der Mastschweine werden über regionale Metzgereien vermarktet. Das führt zu tendenziell höheren Preisen, die im Durchschnitt 1,5% über dem bundesweiten Durchschnitt liegen. Deshalb fallen auch die Direktkostenfreien Leistungen hier etwas höher aus. Der höhere Arbeitsaufwand in den kleineren Beständen frisst den Erlösvorteil jedoch auf.

Langfristig ergeben sich für Bayern ein niedrigeres Leistungsniveau und höhere Kosten. Die Einzelkostenfreien Leistungen liegen daher bis zu 9€ je 100 kg Schlachtgewicht unter dem Vergleichsverfahren Börgemast. Mit anderen Worten heißt das: Die Wirtschaftlichkeit der bayerischen Schweinehaltung ist insgesamt etwas schlechter. An der Rangierung der untersuchten Kastrationsverfahren ändert sich aber auch unter bayerischen Verhältnissen nichts.