Die neue Forschungseinrichtung ist aus der Biologischen Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft (BBA), der Bundesanstalt für Züchtungsforschung an Kulturpflanzen (BAZ) und aus Teilen der Bundesforschungsanstalt für Landwirtschaft (FAL) hervorgegangen. Die Schwerpunkte sollen nun auf den Gebieten der Pflanzengenetik, des Pflanzenbaus, der Pflanzenernährung, der Bodenkunde, des Pflanzenschutzes und der Pflanzengesundheit liegen, teilte das Agrarministerium mit. Darüber hinaus nimmt es die ihm nach dem Pflanzenschutzgesetz, dem Gentechnikgesetz und dem Chemikaliengesetz zugewiesenen Aufgaben wahr. In den 15 Instituten des JKI sind derzeit insgesamt über 1 000 Mitarbeiter beschäftigt. Das JKI wird neben dem Hauptsitz Quedlinburg über die Standorte Braunschweig, Kleinmachnow, Dresden-Pillnitz, Dossenheim und Siebeldingen verfügen. Hinzu kommt eine Versuchsstation in Groß Lüsewitz.
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