Die Fachagentur Nachwachsende Rohstoffe verfügt über Haushaltsmittel in Höhe von über 80 Mio. Euro und setzt im Auftrag der Bundesregierung Forschungsvorhaben um. Dennoch unterliege die FNR als privatwirtschaftliche Organisation nicht der Kontrolle des Parlaments, kritisiert die Bundestagsfraktion der Grünen in einer kleinen Anfrage an die Bundesregierung. Auch monieren die Grünen, dass Vorstandsmitglieder der FNR Vertreter von Interessenverbänden seien und die Fördermittel aus dem Bundeshaushalt daher dem Interessen Dritter dienen könnten.

Die Bundesregierung bestätigt, dass die FNR im Jahr 2014 rund 82 Mio. Euro als zu vergebende Fördermittel zur Verfügung hatte, davon ca. 61 Mio. Euro für das Förderprogramm "Nachwachsende Rohstoffe" und rund 20 Mio. Euro aus dem Energie- und Klimafonds. Da die FNR der Recht- und Fachaufsicht des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) unterliege, hat die Bundesregierung keine Bedenken in Bezug auf die Mittelvergabe. Auch bei der Zusammensetzung des Vorstands gebe es keine Konflikte, da der FNR-Vorstand nicht selbst über Projektträgerschaften oder die Mittelvergabe entscheiden dürfe, sondern der Fachaufsicht des BMEL unterliege. Allerdings sei die Umstrukturierung der FNR zu einer reinen Bundeskörperschaft eingeleitet, nach der die Organisation der politischen Kontrolle des Parlaments unterliegen würde.