Gute Chancen für eine umfassende ökologische Reform der Agrarpolitik in Deutschland und der EU sieht der Sachverständigenrat für Umweltfragen. Aufgrund der steigenden Agrarpreise und der unzureichenden Verwirklichung der Einkommensziele der Gemeinsamen Agrarpolitik gerieten die Direktzahlungen der ersten Säule unter Rechtfertigungsdruck. Deshalb biete der EU Gesundheits-Check eine Gelegenheit für eine umfassende ökologische Reform, heißt es im Umweltgutachten 2008, das der Rat Bundesumweltminister Sigmar Gabriel überreichte. Der Sachverständigenrat sieht den Agrarsektor als "wesentlichen Verursacher noch ungelöster Probleme des Gewässer- und Meeresschutzes", vor allem durch Nährstoffeinträge. In der Bringschuld sieht er die Landwirtschaft beim Pflanzenschutzeinsatz, den Ammoniakemissionen sowie beim Klimaschutz. Im Sinne eines "klimaschutzorientierten Landmanagements" verlangt er angespasste Bewirtschaftungsformen, um die Emissionen von landwirtschaftlichen Flächen zu reduzieren.